Se han mencionado diferentes ventajas que los OGMs brindan para el medio ambiente como la reducción en el uso de productos químicos, como en el caso del maíz Bt, donde el combate de plagas ya no requiere el uso de insecticidas químicos de mayor espectro y menor biodegradabilidad. También se ha mencionado que los OGMs brindan diferentes ventajas para las personas que están interesados en una mayor producción de alimentos, la posibilidad de incorporar características nutricionales en los alimentos, y la posibilidad de tener alimentos con vacunas comestibles como por ejemplo tomates con la vacuna para la hepatitis B. Sin embargo, estas posibles ventajas vienen con un costo y esos son los efectos sobre la salud humana, pero el medio ambiente no es ajeno a estos efectos. Estos son algunos de los efectos que los OGMs tienen sobre el medio ambiente:
1. Contaminación de variedades tradicionales:
El polen de las especies transgénicas puede fecundar a cultivos convencionales, obteniéndose híbridos. Este fenómeno ya ocurre con las variedades no transgénicas hoy en día.
2. Muerte de otros insectos o agentes polinizadores:
Aunque el empleo de recombinantes para toxinas de Bacillus thuringiensis es, por definición, un método específico, a diferencia de los plaguicidas convencionales, existe una demanda comercial que provoca el desarrollo de cepas que actúan contra lepidópteros, coleópteros y dípteros conjuntamente. Podría ser que este hecho afectara a la fauna accesoria del cultivo, insectos que se alimentan de estas plantas y de otros agentes polinizadores.
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